Τα Κρυπτόγαμα λουλούδια διακρίνονται γενικά, σε διάφορες κατηγορίες, όπως είναι φυσικό κιόλας βεβαίως. Στα Μονοκύτταρα Κρυπτόγαμα (Θαλλόφυτα) λοιπόν, ανήκουν τα Βακτηριόφυτα, τα Κυανόφυτα, τα Φυκόφυτα, τα Μυκόφυτα, τα Λειχηνόφυτα (Λειχήνες), τα Ευγλενόφυτα, τα Πυρόφυτα, τα Χρυσόφυτα, τα Χλωρόφυτα, τα Χαρόφυτα, τα Γαιόφυτα, τα Ροδόφυτα και φυσικά, οι γνωστοί σε όλους, Μύκητες. Αξίζει να σημειωθεί όμως, πως πολλές φορές τα Βρύα και τα Θαλλόφυτα, αποτελούν ξεχωριστές υποδιαιρέσεις μεταξύ τους. Από την άλλη πάλι, στα Πολυκύτταρα Κρυπτόγαμα (Κορμόφυτα) ανήκουν μονάχα τα Βρυόφυτα και βεβαίως, τα Πτεριδόφυτα.

Η ουσιαστική διαφορά μεταξύ μονοκύτταρων και πολυκύτταρων Κρυπτόγαμων, εντοπίζεται προφανώς στο γεγονός, πως τα πρώτα είναι πρωτόγονα λουλούδια, ενώ τα τελευταία μοιάζουν αρκετά με τα Φανερόγαμα. Κάπως έτσι, αν και τα Κορμόφυτα έχουν φύλλα και κορμό, δεν διαθέτουν ένα από τα χαρακτηριστικότερα όργανα, τα οποία και συναντάμε γενικά πάνω στα φυτά, τα άνθη δηλαδή...

Ουσιαστικά, και τα Φανερόγαμα θα μπορούσαν να θεωρηθούν Κορμόφυτα, τα συγκεκριμένα όμως, διαθέτουν άνθη! Η ικανότητα τους να ανθίζουν και να παράγουν σπόρους βέβαια, τα καθιστά και με το σπαθί τους τα τελειότερα λουλουδια που υπάρχουν στον πλανήτη Γη. Επιπλέον και χάρη σε αυτό το "φαινόμενο", ονομάζονται και Σπερματόφυτα ή ακόμα και Εμβρυόφυτα.

Τέλος, όλα τα φυτά αυτής της ομάδας χωρίζονται σε δύο κατηγορίες, τα Γυμνόσπερμα και τα Αγγειόσπερμα, με ωάρια που δεν περικλείονται σε ωοθήκη δηλαδή και το αντίθετο αντίστοιχα.